口袋妖怪493比386多了几只珍珠钻石的怪，少了几只普通的怪，并且有一些地图细节和游戏难度会和386有些许不同。

1、386版本打完四大天王之后坐船的时候会死机，不能继续玩，而经过修改的493版本不会出现这个bug，玩家可以直接来到挑战区挑战，获得挑战几分，兑换礼物。

2、而且493版本在前期可以捕获到神兽梦幻，新加入了白金版本除了三神柱之外的所有神兽，还有诡异龙的原始形态，草刺猬的天空形态，暗黑状态的洛奇亚，红色的暴鲤龙，路卡利欧和路利偶，白金开场的三个主角精灵，而386版本中没有这些怪兽。

3、普通怪也有修改，例如将386版本中的电击兽在493版本中改为电击魔，可以通过电压直接进化。

4、同时493版本的游戏的难度比386版本的难度也提升了很多。 口袋妖怪绿宝石386是官方版，简称为口袋妖怪绿宝石，与绿宝石同时推出的还有口袋妖怪红宝石。 而口袋妖怪493是将珍珠钻石版本的一部分内容添加到口袋妖怪绿宝石386版本中的分支版本。